Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 74/PMK.01/2009 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Menteri Keuangan  Nomor 188/PMK.01/2016, Kantor Pengawasan dan Pelayanan Bea Cukai Tipe Madya Pabean B Yogyakarta adalah instansi vertikal DJBC yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kantor Wilayah DJBC Jawa Tengah dan DIY.